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外傘頂洲行政區劃屬雲林縣口湖鄉，但沙洲早已漂移到嘉義縣東石鄉外海，四十年來，雲嘉兩縣為管轄權爭戰不休，兩縣縣長先後登洲宣示主權。為消弭紛爭，前總統陳水扁曾與前副總統呂秀蓮先後從嘉、雲出發，搭海鷗直升機登洲視察。

多年紛爭迄今未解，內政部日前表示，關於外傘頂洲行政管轄的爭議，要等行政區劃法立法後，再妥適規畫。一九七八年十一月卅日，嘉義縣長涂德錡率員踏勘外傘頂洲，引爆兩縣管轄爭議，後來的嘉義縣長陳適庸與雲林縣長廖泉裕相爭不斷，陳適庸爭取中央開發填海造陸，設新市鎮取名「頂洲市」。由於當地魚場豐富，繼而引發兩縣漁民爭奪，在沙洲海面發生多次械鬥。

陳水扁二○○○年六月廿七日搭直升機飛抵外傘頂洲，成為首位踏上沙洲的總統，但因雲林縣長未受邀，引發爭議；隔年，副總統呂秀蓮到雲林由副縣長高孟定陪同，搭直升機視察。

二○○一年雲林縣長張榮味派副縣長高孟定登洲，釘上「口湖鄉蚶寮126之201號」門牌，宣示主權；嘉義縣政府也不甘示弱，二○○六年以「沙洲漂流到東石外海」為由，向中央要求從雲林改劃嘉義縣管轄，不過未獲同意。

但嘉縣不死心，二○○七年縣長陳明文率府會及學者登洲，議會也決議要求縣府爭取外傘頂洲行政權回歸嘉縣，結果再被內政部打回票。雲林縣議員猛批嘉縣撈過界，再登洲探視漁民宣示主權。眼看兩縣快撕破臉，當時的雲林縣長蘇治芬說，外傘頂洲漂移到嘉縣外海，行政管轄行使困難，為防止沙洲消失，中央應出面整合這問題。

現今兩縣雖未再上演激烈主權戰爭，但雲林縣長李進勇上任後率主管、議員組踏勘團登洲，在沙洲「口湖鄉蚶寮126之201號」門牌拍照，除了宣示主權，並宣布要輔導漁船業讓遊客可從口湖出發，發展觀光漁業。嘉義縣議長張明達則率府會搭船考察外傘頂洲，頗有互別苗頭味道。